torsdag 27 september 2012
Dag 4
Med Southern visar slutresultatet endast de fragment som den märkta proben bundit till. Förutsatt att stringenstvätten lyckats ska dessa fragment vara vår LL37-gen. En PCR går betydligt snabbare att göra än en Southern som tar längre tid och innefattar fler moment. Å andra sidan är Southern en känsligare metod som kan detektera mycket små mängder. Vid PCR är det kritiska momentet innan amplifieringen då det finns risk att provet blir kontaminerat med annat DNA, vilket kan ge falskt resultat. Vid Southern är det istället många olika moment som det gäller att allt blir rätt vid. Båda resultaten visade på förekomst av LL37. Resultatet av Southern visade fler band (gällande 0,005µg klyvd) än som kunde urskönjas på gelelektroforesen den byggde på. På så sätt gav den ett noggrannare resultat.
Jag tyckte det var viktigt att prova på att ha många saker på gång på lab samtidigt, vilket vi särskilt hade dag 3. Det kändes väldigt rörigt, men jag antar att det är något som vi kommer kunna stöta på i vårt kommande yrkesliv, så lika bra att få känna på!
Prenumerera på:
Kommentarer till inlägget (Atom)
Hej Annika!
SvaraRaderaJag förstår inte varför du skriver att Southern är en känsligare metod. Har du verkligen jämfört med PCR då, och inte blandat ihop det med GelRedfärgning av den klyvda plasmiden?
När ni är ovana att pipettera små mängder, kan det vara svårt att jämföra känsligheten bara utifrån era resultat vid detta projekt.
En bra optimerad PCR är betydligt känsligare än detektion med probe. Ser du någon annan nackdel med PCR?
Märit