Dag 4

Med Southern visar slutresultatet endast de fragment som den märkta proben bundit till. Förutsatt att stringenstvätten lyckats ska dessa fragment vara vår LL37-gen. En PCR går betydligt snabbare att göra än en Southern som tar längre tid och innefattar fler moment. Å andra sidan är Southern en känsligare metod som kan detektera mycket små mängder. Vid PCR är det kritiska momentet innan amplifieringen då det finns risk att provet blir kontaminerat med annat DNA, vilket kan ge falskt resultat. Vid Southern är det istället många olika moment som det gäller att allt blir rätt vid. Båda resultaten visade på förekomst av LL37. Resultatet av Southern visade fler band (gällande 0,005µg klyvd) än som kunde urskönjas på gelelektroforesen den byggde på. På så sätt gav den ett noggrannare resultat.

Jag tyckte det var viktigt att prova på att ha många saker på gång på lab samtidigt, vilket vi särskilt hade dag 3. Det kändes väldigt rörigt, men jag antar att det är något som vi kommer kunna stöta på i vårt kommande yrkesliv, så lika bra att få känna på!

Dag 2

Hej!

Resultatet av gårdagens PCR och gelelektrofores blev rätt så bra. Banden på själva markören blev inte jätteskarpa, men vid avläsning av PCR-provet (nr 2 i bilden) syntes ganska tydligt att dess band låg ungefär runt 550bp. Det har dock smearat lite och egentligen så ligger den skarpaste delen av bandet lite innan.

1. Markör IX  2. PCR - Eget prov 3. Neg. kontroll 4. Pos. kontroll 5. Plasmidprov

Vi fick några band även nedanför själva plasmiden (nr 5). Dessa skulle kunna bestå av RNA, då RNA under alla processer det gått igenom slagits sönder till mindre bitar av olika storlek. Sådana band kan även innehålla plasmider som har fått en nick i supercoilen och genom detta fått en öppen cirkulär form som gör att de inte kan vandra lika långt.

Hur mycket man kan lita på resultatet är beroende av hur den positiva och negativa kontrollen ser ut. Den negativa kontrollen blev i vår gel ett långt smear. Detta kan bero på primerarna. Den har dock vandrat lika långt som det egna PCR-provet bredvid. Frågan är om detta inte beror på att vi vid pipetteringen råkat få i något av det egna provet i brunnen för den negativa kontrollen, även fast detta inte syntes vid pipetteringen. Den positiva kontrollen markerar tydligt LL37-genen, vilket den ska. Jag skulle tolka det som att vi kan lita på resultatet.

Hörs senare!